Pupuk hayati mengandung mikroba endofit seperti Bacillus sp, Pseudomonas sp., Trichoderma sp. dan lain-lain dapat meningkatkan pasokan nutrisi primer untuk tanaman. Tergantung pada jenis mikroorganisme yang termasuk dalam pupuk, nutrisi primer disediakan melalui berbagai proses alami termasuk melarutkan fosfor, mensintesis zat pertumbuhan tanaman, fiksasi nitrogen, dan lainnya.

Mikroba endofit dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman, mempercepat perolehan nutrisi dan meningkatkan kemampuan tanaman untuk mentolerir tekanan abiotik, seperti kekeringan dan mengurangi tekanan biotik dengan meningkatkan ketahanan tanaman terhadap patogen. Manfaat pupuk hayati antara lain meningkatkan produktivitas dan pertumbuhan tanaman, meningkatkan jumlah anakan, akar, batang padi yang lebih kuat, dan meningkatkan pertumbuhan daun.