Pupuk hayati untuk tanaman buah-buahan mengandung mikroba endofit seperti Bacillus sp, Pseudomonas sp., Trichoderma sp. dapat menghasilkan hormon pertumbuhan, fiksasi nitrogen, dan imunisasi terhadap penyakit. Pupuk hayati bermanfaat untuk meningkatkan jumlah bunga, hasil buah, jumlah akar dan daun. Selain itu aplikasi pemupukan dapat mencegah penyakit tular tanah, mengurangi dosis pupuk kimia hingga 25% dan meningkatkan penyerapan pupuk serta membantu mengembalikan tingkat kesuburan tanah.